La struttura culturale è stata inaugurata il 22 ottobre del 1992 e costituisce uno dei musei scientifici più importanti della Regione Campania per il numero, la varietà e la rarità dei campioni esposti.
A partire dal 1997 il Museo si è dotato di una sezione paleontologica, articolata in 5 vetrine, dove sono esposti fossili appartenenti alle più importanti ere geologiche, tra questi splendidi esemplari di Notosauro, Mesosauro e Ammolite.
Dal 2001 si può ammirare la sezione dedicata alle Gemme, grazie alla donazione della collezione degli architetti Ezio De Felice e Irene Sbriziolo, mentre dal 2003 sono in mostra nella sezione antropologica strumenti litici degli uomini primitivi. Dall’aprile 2011 il Museo è stato riallestito nello storico ex convento della SS.Trinità e Paradiso (XVII secolo) dove è esposta la collezione mineralogica raccolta in oltre 50 anni di appassionata ricerca dall’ing. Pasquale Discepolo.
Dal 2014 una vetrina è dedicata alle conchiglie con 150 esemplari donati da Antonino Casola. Altra rarità il “Grafene” il materiale che sta rivoluzionando il mondo industriale, donato da Andre Geim, Premio Nobel per la Fisica, uno dei 15 Premi Nobel che hanno visitato la struttura culturale e sono stati ospiti di Vico Equense in occasione del Premio Scientifico “Capo d’Orlando” organizzato dal 1999 dalla Fondazione Discepolo.
